1904年，清政府頒佈的《欽定學堂章程》規定「高等算學」隸屬格致科（現在稱理科），並且規定了算學門的課程。辛亥革命後，京師大學堂於1912年5月1日改名為國立北京大學。同年公佈的「民國元年所訂之大學學制及其學科」中格致科改名為理科，其中包括數學門。1913年秋，北京大學數學門招收新生，標誌著中國現代第一個大學數學系正式開始教學活動。
北京大學的數學經歷了近一百年的發展，為國家培養了大量的人才，先後培養出6000多名本科生、1000餘名碩士、博士畢業生，一大批優秀的數學家和其他方面的專家分佈在各行各業，許多人成績斐然，得到社會各界的高度評價。其中有30餘位畢業生被選為中國科學院院士。